Más de 85.000 reales costó los arreglos del asedio

Fue el 5 de febrero de 1810 cuando las religiosas supieron de la llegada de las tropas francesas y decidieron que las alumnas regresaran a sus casas. Ellas mismas buscaron un nuevo lugar en el que no corriera peligro ni su labor ni su integridad física. Finalmente fueron acogidas en el convento de las Madres Agustinas de Cádiz. Mientras tanto su edificio fue en un primer momento sede de la Regencia española y posteriormente tomado por las tropas inglesas y las españolas. A pesar de que regresaron a San Fernando el 14 de julio de 1812, no tuvieron acceso a la totalidad de la construcción, todavía ocupada hasta la misma fecha del año siguiente en el que las últimas tropas españolas lo abandonaron. Por lo que las monjas tuvieron que realizar múltiples obras por su avanzado deterioro. Fueron a pedir limosna y los obispos ingleses quisieron agradecer sus esfuerzos recompensando, a la congregación, con 67.320 reales, mientras que el obispo de Sigüenza, que estaba en la entonces villa, les donó 19.000 reales, destinados a la primera reforma que sufrió el edificio.