Covid-19
Así se sigue el rastro del coronavirus y sus nuevas cepas en España
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Tres equipos de investigación de la Comunidad Valenciana analizan el 88 por ciento de las muestras de coronavirus que se estudian en toda España para seguir la transmisión, el movimiento y las variantes del Covid-19 a escala estatal.
El Servicio de Secuenciación de la Fundació per al Foment de la Investigació Sanitària i Biomèdica (Fisabio) lleva analizadas desde que comenzó la pandemia 6.500 muestras de pacientes enfermos procedentes de casi medio centenar de hospitales de referencia de toda la geografía nacional.
A ellos se suman los expertos y expertas del Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV-CSIC) y del Hospital General de Alicante, que también están secuenciando el genoma del virus.
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La monitorización del coronavirus comienza con la toma del exudado nasofaríngeo del paciente, que sigue dos caminos. El más conocido es el diagnóstico de si la persona tiene o no el Covid-19, pero un porcentaje suficientemente representativo de esas muestras viaja también hasta los laboratorios de secuenciación masiva .
Este viaje se enmarca en el proyecto SeqCOVID, liderado por el investigador Iñaki Comas, del IBV-CSIC, junto con el investigador Fernando González Candelas, responsable de la Unidad Mixta Infección y Salud Pública Fisabio-Universitat de Valencia.
«Vamos leyendo el genoma del virus en pequeños fragmentos y luego, gracias al manejo de herramientas bioinformáticas por parte de Giuseppe D’Auria, los juntamos como si fuera un puzle. A partir del genoma completo, reconstruimos el 'árbol genealógico' del virus. Sabiendo el grado de parentesco de los virus de los diferentes pacientes, podemos conocer si tienen un origen común », explica Paula Ruiz, SARS-CoV-2 project manager en el Servicio de Secuenciación de la fundación Fisabio, que dirige Llúcia Martínez Priego.
Esta secuenciación genómica, combinada con información epidemiológica -los contactos de la persona infectada o por dónde se ha movido, por ejemplo-, es capaz de proveer de información valiosa a las autoridades de Salud Pública para que puedan adoptar medidas de control de la transmisión del virus.
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Se trata de información útil, por ejemplo, para saber si la transmisión es local o comunitaria, identificar eventos de superdispersión -aquellos donde la mayoría de gente no transmite el virus, pero unos pocos infectados son capaces de contagiar a un gran número de personas-, rastrear la ruta que está siguiendo el Covid-19, cómo está mutando o si las nuevas variantes pueden comprometer la eficacia de las vacunas.
