XIII ha sido encerrado injustamente en un campo de extradición por el director de la Agencia Nacional de Seguridad. Tras dos años de cautiverio, XIII emprende una fuga ayudado por dos misteriosos aliados: el expresidente Sheridan y la psicótica asesina Irina Svetlanova.
XIII y Sam siguen una pista de Sheridan hacia Green Falls, un pequeño pueblo donde XIII podría haber pasado su infancia. Después de hacer muchas preguntas sobre sí mismo y sobre su padre, consigue descubrir su nombre de niño.
Siguiendo otra pista de Sheridan, XIII llega a una violenta cárcel venezolana en busca de un prisionero que podría haber trabajado con él. El problema es llegar hasta él ya que fue declarado mentalmente enfermo y encerrado en un área de máxima seguridad.
XIII sigue una pista que le dio Sánchez en la cárcel de Venezuela y que le lleva hasta Irlanda. Allí tendrá que encontrar a Seamus O'Neal, un exmiembro del IRA que entró en la CIA al mismo tiempo que él.
XIII sigue el rastro de su identidad hasta un campo de entrenamiento paramilitar en el Pacífico llamado Bitterroot. Al parecer él entrenó allí e intenta descubrir cuál era la misión secreta para la que estaba siendo entrenado.
Después de enterarse de que su entrenamiento en Bitterroot era para una misión en Costa Verde, XIII y Jones deciden ir hasta allí. Mientras profundizan en las posibles implicaciones de XIII allí, hacen algunos descubrimientos inesperados.
XIII y Jones viajan a Chicago en busca de Robert Simons, otro de los agentes enviados a Costa Verde. XIII está desesperado por descubrir lo que realmente sucedió allí, y más aún cuando se entera de que Simons desapareció misteriosamente hace 2 años.
Cuando Irina propone a XIII entregar uno de los relojes a cambio de revelarle la identidad de la persona que mató a Sam, él hace un pacto con el diablo.
XIII sigue los pasos del director Giordino hasta una caja de seguridad de Moscú, donde este esconde dinero y documentos. XIII y Jones planean un arriesgado atraco al banco para apropiarse del material de Giordino antes que lo haga él.
XIII y Jones empiezan a buscar a un chico al que Giordino le ha matado los padres. Los dos descubrirán quién es realmente el muchacho.
Siguiendo la información proporcionada por el chico que Giordino segrestó, XIII y Jones viajan a una cámara de explosiones desmantelada en Montana, ya que es allí donde creen que se encuentra el escondite de Max Serle, y junto a él la información del último reloj.
Una vez ha recuperado el último reloj de Max Serle, XIII puede encajar las piezas del archivo en clave. Pero entonces descubre que necesita una contraseña, que intuye que puede descubrir rememorando algunas de sus vivencias pasadas.
Gerhardt ha robado la información letal de XIII y quiere utilizarla para arruinar los poderes mundiales y beneficiarse de ello. Pero sus malvadas intenciones chocarán con la voluntad de XIII y Jones que viajarán hacia París para pararle los pies.
