En el inicio de la segunda temporada, Bellamy despierta en las afueras de Arcadia. A medida que recupera su memoria, tiene una impactante revelación. Mientras tanto, el pueblo da la bienvenida a otra renacida, Margaret Langston, una matriarca fallecida 30 años atrás.
Cuando Bellamy y Fred se enteran de que alguien está viviendo en la cabaña del bosque de Richard, temen que haya regresado. Por su parte, Janine se vuelve a casa con la intención de salvar su matrimonio con el reverendo Tom.
Tom crea una nueva parroquia para los que regresaron y Bellamy decide confiar en él, que es también uno de ellos. Mientras tanto, viejos huesos humanos aparecen en el río, y con ellos, implicaciones para la familia Langston que Margaret tratará de mantener ocultas.
Margaret convence a Lucille para que sea la anfitriona de una cena para celebrar el regreso de Jacob, pero unos huéspedes inesperados harán que las relaciones de familia entre los Langston estén a punto de romperse.
El predicador James y su congregación de resucitados se dirigen a la casa de los Langston para impedir el nacimiento del hijo de Rachael. Atrapados en el interior de la vivienda, Bellamy, Henry y Fred se arman para la batalla que tendrá lugar de manera inminente.
Desesperado tras haber enfermado, Bellamy pide ayuda a una fuente inesperada: su sombrío contacto del Gobierno, que le hace una sorprendente revelación sobre su pasado. Tras la repentina desaparición de otro de los resucitados, la comunidad de Arcadia busca respuestas.
Rachael se niega a tomar tratamiento para el virus ya que teme por la vida de su hijo nonato. Mientras tanto, el hermano de Elaine, Ray, contrae el virus a pesar del hecho de que no es un de los que ha resucitado. Además, Brian muestra gran interés por Margaret.
La nueva iglesia del pastor Tom se está convirtiendo en un refugio para los retornados a medida que se intensifica la corriente de opinión en contra de ellos. Mientras tanto, Bellamy y el 'sheriff' Fred están decididos a localizar a los miembros de True Living.
Los arcadios lloran la pérdida de un miembro muy apreciado por la comunidad. Por otro lado, las células madre del bebé de Rachael proporcionan la cura para el virus, pero cuando Rachael desaparece de repente, Bellamy y Maggie recurren a una fuente de ayuda inesperada.
Durante una fuerte tormenta que deja a Arcadia sin suministro eléctrico, Jacob desaparece con Margaret y los Langston y Bellamy salen en su búsqueda. Mientras, la tempestad señala la llegada de otra visita, un desconocido con un misterioso vínculo con Bellamy.
El regreso del predicador James trae una inquietante nueva energía a la ciudad, en especial a Bellamy, que parece tener una extraña y perturbadora conexión con él. Retenida en el centro gubernamental, Margaret no se hace notar pero su reputación le precede.
Una serie de inexplicables acontecimientos conduce a Bellamy a creer que Rachael y su hijo están en peligro. Al mismo tiempo el predicador James predice que el nacimiento del bebé desatará la presencia de un antiguo mal.
A medida que se aproxima la hora de dar a luz para Rachael, los que quieren impedir el nacimiento crecen en número y fuerza. Para más seguridad, Rachael decide mudarse a casa de los Langston, pero el predicador James y sus seguidores se enteran de su nuevo escondite.
