La pista que estaba rastreando Chapelle lleva a la UAT a averiguar que Saunders tiene una hija, Jane, y la unidad idea un plan para que una agente parecida a la chica se haga pasar por ella y así poder interrogar a la verdadera Jane Saunders. Kim es la elegida y ella acepta la misión a pesar de que a Jack no le gusta la idea.
Saunders logra escapar del edificio con la colaboración de Tony Almeida. Por eso, cuando Jack ordena el asalto y se entera de que Saunders ha huído, pregunta a Tony qué es lo que ha ocurrido. Tony le explica que ha habido un error y que tratará de averiguar quién lo ha cometido. Aunque trata de culpar a Adam de lo ocurrido, éste y Chloe piensan, al igual que Jack, que Tony está ayudando a Saunders por algún motivo que desconocen. Poco después, Saunders ordena a Tony que libere a su hija Jane, retenida en una sala de la UAT bajo vigilancia policial, si quiere volver a ver con vida a Michelle. La liberación de Jane incendia las sospechas de Jack sobre Tony y éste decide relegarle de su puesto en la UAT. A partir de este momento, Jack Bauer toma el mando de la UAT.
La tercera temporada de "24" empieza con la muerte de un joven a causa de un neumovirus altamente contagioso. La UAT comprueba que detrás de esta terrible amenaza se encuentra Ramón Salazar, un narcotraficante encarcelado por Jack Bauer.
El Servicio Nacional de Salud informa a la UAT de que el virus puede adoptar un aspecto muy similar al que la cocaína y van a la búsqueda de un chico que tiene que hacer una entrega del cargamento. Jack prohibe a Chase participar en la misión, para protegerle.
Nicole, del Servicio Nacional de Salud, confirma a Jack de camino a casa de Kyle que la incidencia del virus es superior a la que pensaban. Como descubren que la bolsa de polvo de Kyle no es ni cocaína ni el virus, creen que el chico lo lleva encima.
El tiroteo desatado en el centro comercial se ha saldado con un herido: Tony. Michelle se verá obligada a decidir si acude al hospital o toma el mando de la UAT. Su profesionalidad y la crítica situación le hacen decantar por la segunda opción.
Un motín estalla en la cárcel de la que pretende huir Bauer junto a Salazar. Ambos son capturados por los líderes de la revuelta pero tras una tensa escena en la que les obligan a jugar a la ruleta rusa, consiguen liberarse.
Jack informa a Salazar de que el helicóptero no le llevará a México y lo dirige hacia Los Ángeles tras apagar el radar. Aún así, la UAT detecta los movimientos de Bauer y Chapelle ordena al Ejército que lo derriben antes de que éste penetre en la ciudad.
Gael encierra a Kim en la sala de archivos al verse descubierto. Mientras, Chapelle reúne a su equipo y les anuncia que el objetivo, una vez que se sabe que Kyle no porta el virus, es encontrar a Salazar.
Tony llama a Palmer para mostrarle un vídeo en el que Jack explica que la amenaza del virus era una mentira para poder hacerse con un virus real que está en manos de unos ucranianos y que esperan vender en EEUU. El plan es convencer a los Salazar de que compren el virus
Mientras los hombres de Salazar comienzan a torturar a Chase para sacarle información, Jack encuentra en Claudia, la novia de Héctor, una aliada. Pero las cosas se le complican cuando Amador le informa de que no es el único comprador del virus.
La UAT trata de localizar el punto en el que se encuentra Jack a través de las llamadas que Héctor realiza a Gael, pero no lo consigue. Mientras, Jack convence a Ramón para ir en busca de Nina y hacerse con el virus cuando Amador proceda al intercambio.
Nina no cree a Jack y así se lo hace saber a Ramón en numerosas ocasiones, pero éste no la cree. A Héctor tampoco le gusta la operación ya que descubre el cadáver de Claudia y averigua que Chase ha desaparecido.
En la UAT se ultiman los preparativos para la intervención: una unidad de hombres armados, bajo el mando de la UAT y de Chase, se hará con el virus tras el intercambio y detendrá a Amador y a los Salazar.
Jack y Chase localizan a Nina, quien asegura que el objetivo de Amador es llegar a Los Ángeles con el virus. Nina aprovecha un momento para lanzar un gusano que bloquea toda la red antiterrorista de la UAT e impide la conexión entre las distintas agencias.
Amador, que ya está en Los Ángeles, tiene suficiente agente patógeno como para infectar a todo una área metropolitana. Por eso, ante la crítica situación, Palmer reúne al FBI, el Servicio Nacional de Salud y a los responsables de la Seguridad Nacional.
Mientras en la UAT siguen intentando localizar a Amador, éste se encuentra con Alvers hablando de “el objetivo” y de la forma de expandir el virus. Cloe encuentra una pista que lleva a localizarle y Chapelle decide enviar a Jack al mando de la misión.
Michelle interroga a Alvers y éste le dice que hay once objetivos más pero que no sabe cuáles son. Tony es informado de todo y explica que en 14 horas los expuestos al virus comenzarán con los síntomas.
No satisfacer las exigencias de Saunders puede costarle caro al presidente Palmer. Por eso, muy en contra de sus principios, Palmer acepta el chantaje. Mientras, Jack Bauer y la UAT descubren quién es Saunders de verdad.
Jack Bauer debe matar, a petición de Saunders, a uno de sus compañeros de la UAT y dejar su cuerpo en el depósito de trenes de Los Ángeles antes de las 7 de la tarde. La única forma de evitar que eso ocurra es que la UAT descubra el lugar en el que se esconde Saunders.
La pista que estaba rastreando Chapelle lleva a la UAT a averiguar que Saunders tiene una hija, Jane, y la unidad idea un plan para que una agente parecida a la chica se haga pasar por ella. Kim es la elegida.
Jack trata de sacar información a Jane Saunders y como no consigue nada, le cuenta quién es su padre en realidad y qué es lo que está haciendo. La chica le da un teléfono que Saunders le dio para casos de emergencia.
Saunders logra escapar del edificio en el que permanecía confinado con la colaboración de Tony Almeida, director de la UAT. Por eso, cuando Jack ordena el asalto y se entera de que Saunders ha huído, pregunta a Tony qué es lo que ha ocurrido.
Tony se dirige con Jane al encuentro de Saunders para intercambiar a ésta por Michelle, pero no lo logra, porque Jack se lo impide. Tony le confiesa que ha antepuesto sus intereses personales a los de la seguridad nacional.
Tras la captura de Saunders, éste vuelve a advertir que quedan 11 viales en manos de once personas que a las 12:00 los liberarán en distintas ciudades. Como se niega a dar información, Jack se ve obligado a amenazarle con que meterá a su hija Jane en el Hotel Chandler.
Rivens consigue escapar con el vial del virus del metro de Los Ángeles, sin que la UAT haya podido hacer nada para impedirlo. Con ayuda de Michelle, Jack y Chase emprenden una nueva búsqueda y localizan a Rivens en un colegio, donde intentarán capturarlo.