La nueva temporada arranca y los doctores deben afrontar las consecuencias del accidente aéreo. Mientras tratan de seguir adelante con sus vidas, aprenden a adaptarse a los cambios, superar las pérdidas y comprometerse con sus parejas y sus carreras.
Los doctores intentan superar los traumas psicológicos y físicos del accidente aéreo. Cristina, la fatiga y el miedo; Derek, la movilidad en la mano; y Arizona, el desazón causado por la pérdida de la pierna. Meredith y Callie pagan todos estos trastornos.
Los abogados de la compañía aérea piden a los supervivientes del accidente que tomen una decisión casi imposible. Mientras tanto, la tensión crece entre Jackson y April, pues les obligan a trabajar juntos. Y Alex se contiene con una de las internas.
Consciente de que Derek quizás no vuelva a operar nunca, Meredith deja de hablarle de sus hazañas en el quirófano. Mientras tanto, Richard pide a la doctora Catherine Avery que le ayude en una intervención quirúrgica muy complicada.
Meredith y Cristina encuentran apoyo mutuo para superar las secuelas que tienen del accidente de avión. Además, ambas comparten dificultades laborales. Y es que las dos deben lidiar con mayores responsabilidades en sus lugares de trabajo.
Los doctores siguen con sus problemas legales y se sienten obligados a enfrentarse a la verdad sobre sus secuelas. Mientras, Bailey engaña a Arizona para que le ayude en un caso de pediatría y Cristina intenta encontrar la rutina en su nuevo trabajo.
Cristina y Owen siguen tratando de comprender cómo es su relación tras la demanda. Por su parte, Bailey discute con Ben respecto a sus planes de boda.
El nuevo grupo de internos se ve envuelto en el drama del Seattle Grace. Meredith pregunta a Heather cómo se puede curar la mano de Derek. Cristina, por su parte, provoca una rivalidad sana entre Sptephanie y Leah, que lleva a un paciente a sufrir una crisis.
Los doctores se preparan para la boda de Bailey. Richard es quien más le ayuda a superar los típicos temores prenupciales. Mientras, Callie y Jackson tratan de convencer a Derek para que se someta a una operación peligrosa que podría curarle la mano.
Bailey deja el día de su boda a un lado para centrar todos sus esfuerzos en salvar la vida de Adele. Por su parte, Cristina y Owen no se acaban de decidir sobre su divorcio. Y Arizona y Callie tratan de reavivar la chispa que saltó entre ellas hace tiempo.
Meredith, Derek, Cristina y Arizona reciben noticias del juicio del accidente de avión. Paralelamente, Richard ignora los mensajes románticos de Catherine. Jackson atiende a uno de los antiguos pacientes de Mark, mientras Derek empieza la rehabilitación de su mano.
Una nueva profesional llega al Seattle Grace dispuesta a tapar el agujero financiero del hospital. Por su parte, Arizona lucha contra el dolor psicológico de su extremidad amputada. Y Meredith tiene miedo de que su embarazo no vaya tan bien como cabría esperar.
Mientras Derek y April trabajan contrarreloj para encontrar una solución para el hospital, Cristina se esfuerza para respetar la voluntad de una familia, cuyo hijo está muriendo. Y Arizona empatiza con una adolescente que tiene problemas similares a los suyos.
Se despierta una competición para elegir la nueva imagen del hospital. Mientras, April atiende un caso urgente y Jackson trabaja con Alex visitando a una joven pareja transexual. Y el Seattle Grace implementa una nueva política, que pone a prueba la paciencia de todos.
Mientras el hospital se acerca a la ruina, Owen debe tomar decisiones importantes, lo que incluye una costosa operación que puede salvar la vida de un niño. Mientras tanto, Alex y Jo trabajan juntos para curar a un retoño. Y April pide consejo amoroso a Jackson.
Los problemas económicos del Seattle Grace empiezan a ser un secreto a voces en el mundo de la Sanidad. De hecho, Catherine anima a Jackson para que se vaya a Boston y los internos temen perder su trabajo.
La discordia y el caos que ha creado la nueva junta directiva del Seattle Grace provoca que un médico se plantee la posibilidad de marcharse a otro hospital.
El Seattle Grace sigue realizando mejoras bajo las directrices de la nueva junta y eso sirve para que los mismos doctores se percaten de que llevar un hospital conlleva una serie de problemas y responsabilidades.
Un camión de gas explota en una carretera de Seattle, lo que provoca múltiples heridas en los conductores, entre ellos, Matthew. Por otro lado, Meredith y Jo ayudan a una madre que está nerviosa porque su hijo padece una extraño enfermedad.
La temporada termina con Meredith y Derek tomando algunas medidas preventivas para asegurar el futuro de su hijo. Y es que han recibido no muy buenas noticias sobre su seguridad económica.
Tras la muerte de varios pacientes de Bailey, la doctora se convierte en el centro de una investigación del hospital. Por su parte, Cristina se burla de los sentimientos que Alex siente por Jo. Y Owen sigue cuidando de Ethan mientras sus padres están en el hospital.
Los médicos llegan hasta Bailey, pero ella sigue encerrada en si misma tras el incidente con la abuela de Ethan. Owen, por su parte, teme que el niño acabe en un hogar de acogida y un nuevo especialista craneofacial llega hospital.
El equipo médico se prepara para afrontar una tormenta que acecha a Seattle. Mientras el deseo de Owen de ser madre aumenta, un movimiento en falso pone la vida de Meredith y su bebé en peligro. Por otro lado, un doctor recibirá la sorpresa de su vida.
El tempestuoso final de la novena temporada llega con Meredith en avanzado estado de gestación y el hospital al borde del colapso. En el episodio, una tormenta de gran magnitud se cierne sobre Seattle y desencadena una catástrofe natural en la ciudad.
