La rivalidad entre los hermanos Borgia, César y Juan, está en auge y llega a las calles de Roma, donde se enfrentan y muestran sus diferencias. El Rey de Francia decide vengarse del Rey de Nápoles y, mientras tanto, Alejandro VI descubre a su nueva amante.
Mientras Paolo va hacia Roma en busca de Lucrecia y su hijo, Juan se cruza en su camino y no dejará que sus planes salgan como tenía esperado. Las amantes del Papa, Julia y Victoria, consiguen disfrazarle para que pueda pasear de incógnito.
Alejandro VI se niega a permitir que el entierro de Paolo sea católico debido a sus dudas y los rumores sobre el posible suicidio de Paolo. Esto hace que Lucrecia, sumida en tristeza profunda, empiece una huelga de hambre.
César con la ayuda de Micheletto, recluta a un grupo de mercenarios para ir contra las tropas francesas que han quemado el convento en el que vive Úrsula. Esta vez el Papa se alía de forma estratégica para enriquecerse en las negociaciones.
El Papa manda a César al castillo de Catalina Sforza para pedirle lealtad, tendrá que lidiar con la astucia y decisión de los Sforza. Alejandro se disfraza para viajar hasta Florencia y poder escuchar el discurso incendiario de Savonarola.
Tras el rayo de luz cegador que entró en la Basílica de San Pedro mientras tenía lugar una reunión masiva, Alejandro, convencido de ser una señal de desaprobación de Dios, decide empezar el ayuno de Cuaresma.
Impresionado y sorprendido por la triunfal vuelta de Juan de España, acompañado del General Don Hernando y lleno de regalos, Alejandro decide mandarle a visitar a Catalina de Sforza a su castillo para que se haga un hueco ahí.
Juan, aún herido, decide volver a Roma e intentar combatir para demostrar su valor, pero su hermano César destaca su comportamiento innoble. Lucrecia acepta casarse con el hijo del rico merchante genovés, pero esconde a quién desea realmente.
El amante de Lucrecia decide pedirle la mano y casarse con ella, pero el padre de Lucrecia rechaza tanto la proposición como al amante. El comportamiento tan poco controlado de Juan hace que la vida del hijo de Lucrecia peligre.
Las malas noticias invaden a la familia Borgia. Alejandro autoriza una búsqueda oficial de su hijo desaparecido Juan. Seguida de una impactante revelación de César. Lucrecia finalmente encuentra el amor y acepta la propuesta de matrimonio de Alfonso de Aragón.
