En la primera entrega de la segunda tanda de episodios, tras ver como se las gasta Tuco con su propia gente, Jesse y Walt se vuelven paranoicos pensando que va a ir a matarles a ellos. Por su lado, Skyler trata de evitar a su hermana desde el asunto de la diadema.
La DEA con Hank al frente acecha al entorno de Tuco. El propio Tuco piensa que Walt o Jesse le han delatado y los tiene secuestrados en un rancho en el desierto donde vive su tío impedido.
Una vez libres de Tuco, llega el momento de buscar una explicación a su desaparición. Walt opta por fingir amnesia y es ingresado en el hospital. Jesse vacía el sotano de su casa y se va a un motel donde le detiene la DEA.
Walt trata de agradar a los suyos para olvidar cuanto antes el incidente de su amnesia, sin embargo, Skyler se muestra muy enfadada con él. Peor lo tiene Jesse, ya que no encuentra a nadie que quiera acogerle unos días.
La necesidad de Walt de conseguir dinero para afrontar sus gastos médicos y la tranquilidad de Jesse al encontrar piso y conseguir algo de dinero, hace que vuelvan a cocinar cristal.
Jesse decide dar una lección a los dos yonquis que robaron a uno de sus camellos. Cuando llega a casa de ellos se encuentra con un personaje con el que no contaba. Por otro lado, Gretchen llama a casa de los White para interesarse por Walt.
Tras el incidente con la pareja yonqui, la fama de Jesse crece por la ciudad como alguien a quien respetar. Walt ve en ello el momento de expandir el negocio y ganar territorio en la ciudad. Mientras, Hank se siente descolocado en el departamento de fronteras.
Badger la caga y es detenido por la policía. Antes de que pueda delatarlos, Walt y Jesse contratan a un abogado de medio pelo que se anuncia en televisión para llevar el tema con mucho cuidado, y así evitar que Badger hable para rebajar su pena.
Tras pasar una revisión médica, Walt está convencido de que le queda poco tiempo de vida. Por ello, convence a Skyler de que va a pasar unos días con su madre a modo de despedida.
Pese a las buenas noticias, Walt se muestra bastante tenso. Skyler prepara una fiesta para celebrar su mejoría, pero el profesor no puede evitar tener un choque con Hank. Mientras se toma unos días sin ir al trabajo, quema sus energías haciendo reformas en la casa.
Tras el incidente de Combo, con Badger desaparecido y Pete asustado, la red de distribución de Jesse se viene abajo justo cuando Walt decide someterse a un tratamiento bastante caro. Mientras, Skyler descubre algo turbio en las cuentas de la empresa.
Cuando Jesse despierta cree que alguien ha entrado en su casa y le ha robado la mercancía. El hecho de que no recuerde haber hablado con él, hace que Walt desconfíe a la hora de entregarle su parte del dinero.
En la última entrega de la temporada, Jesse se derrumba cuando descubre lo de Jane, sintiéndose culpable de todo. Gracias a la gente de Saul, el asunto de Jane se resuelve con normalidad y el dinero de Walt empieza a entrar en la web de donaciones.
