Historia y ciencia ficción se dan la mano en la nueva apuesta de la cadena pública. La serie arranca con un viaje en el tiempo: un oficial del ejército napoleónico se desplaza desde 1808 hasta el presente con el objetivo de ganar la Guerra de la Independencia.
Gil Pérez, agente del Ministerio durante el reinado de Felipe II, descubre que Lope de Vega, alistado en la Armada Invencible, no va a embarcar en el barco que la Historia dice que embarcó: el San Juan, una de las pocas naves cuyos marineros lograron salvar la vida.
Amelia, Julián y Alonso deben viajar a 1940 para evitar que Himmler, comandante de las SS, pueda acceder a una de las puertas temporales que se encuentra en el Monasterio de Montserrat y cambie el presente desde el pasado en beneficio del régimen nazi.
Julián viaja a 1491, a la corte de Isabel la Católica, junto a sus compañeros de patrulla para salvar de la hoguera a Abraham Levi, creador del "Libro de las Puertas". El problema es que la puerta está en bucle y solo disponen de 24 horas para evitar su muerte.
El Guernica, tras duras negociaciones, vino a España en el año 1981 como símbolo de la vuelta de la democracia. Sin embargo, llegan informes al Ministerio de que las negociaciones están cambiando con respecto a lo que cuenta la Historia.
Amelia, Julián y Alonso viajan a la Castilla de 1520 para detener a un estafador del siglo XXI que viaja por el tiempo. En su comitiva, descubrirán que el personaje y las vivencias narradas en la obra cumbre de la picaresca "El Lazarillo de Tormes" fueron reales.
Para evitar la desaparición del Ministerio del Tiempo, Amelia, Julián y Alonso viajan 172 años atrás para impedir que Leiva, un funcionario huido de la cárcel, asesine a Isabel II. Pronto, las sospechas de colaboración con el rebelde recaen sobre Irene.
Amelia, Julián y Alonso se se encuentran en una encrucijada. La patrulla empieza a dudar de su lealtad hacia el Ministerio ante la imposibilidad de salvar a sus seres más queridos.
