El exagente del FBI Ryan Hardy tiene que enfrentarse a un nuevo criminal, Mark Gray, que es incluso más peligroso que el asesino en serie Joe Carroll, encarcelado al final de la segunda temporada y a la espera en el corredor de la muerte.
Ryan intenta determinar cuál es la conexión entre Joe y Mark. Sin embargo, pronto se encuentra en una situación peligrosa y se ve obligado a enfrentarse a la realidad o morir. Mientras tanto, las tensiones dentro del grupo continúan creciendo.
Ryan y su equipo van en busca del hombre responsable de la muerte de Jeff. Las pistas llevan a Ryan hasta un antiguo amigo. Mientras tanto, Mark retiene a dos reporteros, sin darse cuenta de que sus acciones interfieren en el plan secreto de Daisy y Kyle.
Mark, Kyle y Daisy matan a cuatro bomberos, y deciden ir entonces tras un estudiante. Ryan pronto se da cuenta de que todo forma parte de un plan para tirar por tierra el juicio contra Strauss, que va a ser juzgado por sus crímenes.
La credibilidad de Ryan en el juicio de Strauss se ve minada por las acusaciones contra él. Mientras tanto, Kyle y Daisy buscan a Carrie Cooke, y Mike se encuentra con Mark cara a cara.
Ryan pide ayuda a Joe, y el consdejo del asesino les lleva hasta Beacon, en Nueva York. Strauss y Daisy se refugian junto a uno de los estudiantes de Strauss, esperando a que otro llegue con los carnets de identidad falsos que necesita Strauss para dejar el país.
El FBI trata de dar caza al mejor estudiante de Strauss, poniendo en riesgo a Max. Mientras tanto, Joe discute con Ryan, y Tom sigue interrogando a Mike sobre su sacrificio de Max para poder matar a Mark.
A pesar de las órdenes de Nick, Ryan sigue tratando de capturar a Theo y logra dar con él gracias a su identidad falsa. Aprovechando un descuido del asesino, Ryan y su equipo le toman la delantera. No saben que Theo les tiene más de una sorpresa preparada.
Theo intentará arruinar la vida de Ryan. Por su parte, Max aprenderá a rastrear el ordenador portátil de Mark gracias a un contacto del FBI. Al mismo tiempo, Mark quiere vengarse de Daisy por su traición, para ello seguirá su rastro por la ciudad de Atlantic City.
Joe tiene una última oportunidad antes de ser ejecutado. Para ello captura tres rehenes y así se asegurará de que Ryan acudirá a visitarlo. Al mismo tiempo Theo tratará de rescatar a su hermana Penny.
Mientras Theo y Penny van tras la persona que les puede devolver el anonimato, Ryan gana ventaja sobre el hombre que podría haber matado a los padres de Theo. Sin embargo, Ryan tendrá que encararse contra Gwen y dejarle, después de descubrir que está volviendo a beber.
Theo obliga a Daisy y a Mark a vulnerar los cordones de seguridad del FBI. Mientras tanto, Ryan y Max tienen una pista sobre Penny, a la que buscarán para poder atrapar a Noble.
Ryan y Max intentan intercambiar a Penny por Mike a espaldas del FBI pero el plan no sale como lo previsto. Y mientras Lisa está al frente de la investigación, Max descubre el secreto de Tom.
Mike se encuentra al borde de la muerte después de un violento ataque de Mark. Por su parte, Theo y Daisy buscan a un allegado de Ryan para poder llevarlo a una trampa.
Mientras que Max intenta encontrar a Ryan, se descubre quien es el topo del FBI. Mientras tanto, Theo, cegado por la venganza por la muerte de Penny, descubre que Eliza y su gente tienen sus propios planes.