La quinta temporada de "Bones" arranca un mes y medio después de los acontecimientos acaecidos en la 'season finale' anterior. Durante estas semanas, Booth ha estado en recuperación después de haberse sometido a una extracción de un tumor cerebral.
La antropóloga forense Temperance Brennan y el agente del FBI Seeley Booth tienen que investigar la muerte de un hombre que fue asesinado por los documentos secretos que llevaba en su maleta.
La policía encuentra los restos óseos de Levi Yoder, un joven miembro de la comunidad Amish, al lado de la vía de un tren. Booth y Brennan descubren que el chico era un pianista brillante y que su maravilloso talento puede haberle conducido a la muerte.
Temperance Brennan y Seeley Booth tienen otro caso que investigar cuando la policía local encuentra un cadáver descompuesto en una fiesta. Ambos necesitarán la ayuda de un tercero, el psicólogo del FBI Lance Sweets.
Seeley Booth y Temperance Brennan deben investigar los restos humanos aparecidos en una valla electrificada. La antropóloga descubre enseguida que el cadáver hace tiempo que está muerto, pues tiene síntomas claros de momificación.
Los extraños restos de un trabajador de una fábrica de pollos aparecen en la orilla de un río cercano. Es entonces cuando el agente Booth y su inseparable compañera, la antropóloga forense Temprance Brennan, entran en escena.
Booth y Brennan deben encontrar al asesino de un enano que era toda una estrella de la lucha libre. El agente, además, está preocupado porque puede perder el permiso de armas del FBI si no mejora su puntería, que ya no es tan fina como lo era antes de la operación.
El abuelo de Booth ha abandonado la residencia y ha decidido irse a vivir con su nieto. El hombre intentará ayudar a Seeley a que su relación con Temperance progrese, aunque también le traerá alguno que otro quebradero de cabeza.
El agente del FBI Seeley Booth y la antropóloga forense Temperance Brennan tienen que investigar la muerte de un experto jugador de videojuegos muy competitivo que tenía más de un enemigo.
El agente del FBI Seeley Booth y la antropóloga forense Temperance Brennan investigan el caso de un hombre vestido de Papá Noel que intenta robar un banco con una bomba adosada en su cuerpo.
Booth y Brennan se desplazan hasta Roswell para investigar los restos semidescompuestos de lo que la gente local cree un alienígena. El agente y la antropóloga tendrán que enfrentarse a unas pruebas que les harán plantear la existencia de vida en otros planetas.
Un grupo de agentes gubernamentales cierran el laboratorio del Jeffersonian y obligan a Temperance Brennan y su equipo de forenses a determinar la causa de la muerte de unos restos clasificados como alto secreto.
Brennan y Booth se dirigen a un nuevo escenario de un crimen. Se trata de unas trincheras de un antiguo campo de batalla de la guerra civil estadounidense, en las que ha aparecido un esqueleto humano.
Booth y Brennan examinan unos restos desfigurados que parecen tener connotaciones bíblicas. La pareja de investigadores descubre que la víctima fue un paciente de un hospital psiquiátrico.
Sweets está viajando en metro cuando ocurre un terremoto. El movimiento de tierra provoca una gran tromba de agua que hace descarrilar el convoy donde viaja el psicólogo y provoca un accidente. Entre los muertos, la policía encuentra unos restos humanos descompuestos.
La serie celebra su episodio número 100 con este episodio especial, dirigido por su protagonista masculino: David Boreanaz. En él, Brennan y Booth recuerdan el primer caso en el que trabajaron juntos.
Seeley Booth y Temperance Brennan se dirigen a la localidad natal de la antropóloga porque se han encontrado los restos no identificados de una adolescente. Allí, ambos coincidirán con la reunión de antiguos alumnos del instituto de la científica.
Catherine Bryan, encargada del oceanográfico, llama al FBI para informar de la aparición de huesos humanos en el tanque de los tiburones. Se trata de Jazz Gunn, un hombre que ofrecía seminarios sobre las propiedades curativas del agua marina.
Los encargados de un hotel encuentran en una de las lavadoras del edificio el cuerpo sin vida de un excéntrico hombre rico. Booth y Brennan se disponen a investigar el caso y pronto descubren que la víctima fue vista por última vez en un campamento de 'rock'.
En una casa abandonada en un bosque aparecen dos cadáveres: uno pertenece a una aficionada a la magia y el otro apunta a que fue una de las víctimas de los juicios de Salem. Booth y Brennan se desplazan hasta el lugar para investigar.
Brennan, Hodgins y Booth deben acudir al juicio de la Sepulturera, criminal que estuvo a punto de acabar con sus vidas. Todo el Jeffersonian se arma de valor para ser fuerte e intentar superar la dramática experiencia sufrida.
El agente del FBI Seeley Booth despide la quinta temporada de la serie lleno de dudas respecto a su futuro profesional y personal. Y es que, tanto él como su compañera Temperance Brennan recibirán importantes ofertas laborales que podrían significar su separación.