Los agentes del servicio secreto estadounidense Pete Lattimer y Myka Bering son premiados con un traslado a un almacén llamado Warehouse 13. Ahora son los responsables de la recolección de diferentes objetos relacionados con lo sobrenatural.
Los agentes Lattimer y Bering son transferidos a la misión secreta del Almacén 13. El misterioso Artie Nielsen les explicará cual es su nuevo trabajo.
Pete y Myka son enviados a Chicago para investigar una serie de atracos a bancos. Al parecer, los delincuentes utilizan un dispositivo que crea una eco tan potente que hipnotiza a todos los que la escuchan y los deja en un estado de euforia durante varios minutos.
Pete y Myka son enviados a un pequeño pueblo para investigar un extraño suceso. Las mentes de sus habitantes parecen estar siendo manipuladas para que actúen siguiendo sus instintos. Las cosas se complicarán cuando ellos mismos empiecen a comportarse de la misma manera.
Artie se despierta con dos esposas alrededor de sus muñecas. Su captora es Claudia Donovan, la hermana de un antiguo estudiante de Artie llamado Joshua que desapareció 12 años atrás cuando uno de sus experimentos salió mal. Pete y Myka tratarán de salvar a su compañero.
Un ladrón roba una escultura con la ayuda de un dispositivo indio que le permite atravesar las paredes del museo donde estaba guardada. Pete y Myka son enviados a Nueva York para investigar y terminan descubriendo algo mucho más importante.
Mientras inspeccionan el lugar donde se ha producido una misteriosa explosión de gas, Pete y Myka descubren con sorpresa el cadáver de otro agente de Warehouse. Las cosas se complican para ellos cuando el objeto que buscan se adhiere a la columna vertebral de Pete.
Pete y Myka regresan a Washington para hacerse con una espada samurái que alguien pretende regalar al Presidente de Estados Unidos. Una vez en la capital, se dan cuenta que hay otra organización rival que busca el mismo tipo de objetos que almacena Warehouse 13.
Pete y Myka se desplazan hasta Las Vegas para recoger un artefacto que está utilizando una pareja para hacer trampas en el juego. La tarea se complicará porque, en realidad, la persona que viaja con Pete no es Myka, sino una criatura que vivía en un espejo del almacén.
Artie envía a Pete y Myka a una cárcel de Florida porque últimamente se han suicidado varios presos de manera inexplicable y pretende que investiguen por qué. El hombre sospecha que las muertes podrían estar relacionadas con un objeto que pertenece al almacén.
Artie recibe una invitación para merendar con la señora Frederic. Sus jefes pretenden que de caza a su antiguo compañero, MacPherson. Mientras tanto, Pete, Myka y Claudia se quedan atrapados en el almacén por culpa de un error informático.
Warren, el padre de Myka, descubre en una librería un bloc de notas del siglo XIX. De repente, las letras empiezan a meterse bajo su piel. Su hija se encuentra ocupada dando caza a MacPherson cuando recibe una llamada: su padre está a punto de morir.
En el episodio que pone punto y final a la primera temporada de la serie, la señora Frederic descubre que Artie y MacPherson discutieron sobre si utilizar uno de los artefactos para salvar la vida de Carol. Artie no ha confiado en nadie desde entonces.