En su larga trayectoria, el Juan Sebastián de Elcano ha sufrido y soportado numerosos temporales en cualquiera de sus múltiples manifestaciones, ya sean estas pamperos, monzones, huracanes, ciclones, tifones, borrascas, etc. En su segunda vuelta al mundo, el buque soportó un furioso temporal en la travesía de Yokohama a Honolulú, con rescate incluido de hombre al agua y donde la pericia y templanza de nervios de su comandante, Lago de Lanzós, fueron determinantes para solventar la dura prueba.

En 1944, siendo su comandante el capitán de fragata Boado Endeiza, sorprendió a los tripulantes del barco un fortísimo temporal con mar arboleda y viento huracanado. Se capeó con trinquetilla y cangrejos y proeles antagallados en última faja.

Siguió arreciando el temporal y los foques que se encontraban aferrados se desfladaron, izaron y rifaron solos; se rompió el cuerno de babor de la cebadera, así como el chinchorro del bauprés debido a un golpe de mar y agua que se embarcaba por la toldilla que discurría con gran fuerza sobre la cubierta del alcázar arrancando un respiradero de ventilación de la cámara de guardiamarinas, produciendo una gran vía de agua que la inundó.

Sin embargo, los guardiamarinas con aparejos de fortuna consiguieron atajar la entrada de agua y proceder a su achique. En el sollado de proa de marinería también se produjeron serios destrozos.

El ganado vivo que entonces viajaba a bordo rompió sus amarras debido a los fuertes bandazos. Los servicios de a bordo se multiplicaron en la reparación de las averías y Elcano pudo seguir su itinerario sin más novedades.