Tras la larga reivindicación de Andalucía y Aragón, el Tribunal Constitucional reconoció las competencias de las comunidades en sus parques nacionales, lo que provocó cambios en la legislación. La sentencia también provocó la puesta en vigencia de la Ley de Doñana, aprobada por el Congreso en 1999. Coves apuntó que esta ley tiene ciertas limitaciones y que el propósito de la Junta es un sistema de gestión aplicable a los dos parques, por lo que estudian o bien una futura ley de parques nacionales o una reforma de la ley 2/89 de Inventario de Espacios Protegidos.

La Junta trabaja en dos decretos que se aprobarán en el Consejo de Gobierno y que fijan, por un lado, la adjudicación de competencias, y por otro, la acogida de los trabajadores de ambos espacios protegidos así como los 17 millones de euros anuales que recibirá la Consejería de Medio Ambiente por la gestión.